Yalçın İlqar oğlu Rəfiyev 9 fevral 1987-ci ildə Şəmkir şəhərində anadan olub.
2007-ci ildə Bakı Dövlət Universitetinin “Beynəlxalq Hüquq və Beynəlxalq Münasibətlər” fakültəsinin “Beynəlxalq Münasibətlər” ixtisası üzrə bakalavr pilləsini fərqlənmə diplomu ilə bitirib.
2010-2011-ci illərdə İtaliyanın Roma şəhərində yerləşən NATO Müdafiə Kollecində Ali Kursunda, 2014-2016-cı illərdə isə Avstriyanın Laksenburq şəhərində yerləşən Beynəlxalq Antikorrupsiya Akademiyasının “Korrupsiyaya qarşı mübarizə üzrə mütəxəssis” proqramı üzrə magistr proqramında təhsil alıb.
Peşəkar fəaliyyətə 21 sentyabr 2007-ci il tarixində Xarici İşlər Nazirliyinin (XİN) Təhlükəsizlik Problemləri İdarəsində referent vəzifəsində başlayıb.
2009 – 2011-ci illərdə XİN-in Təhlükəsizlik Problemləri İdarəsinin attaşesi;
2011 – 2013-cü illərdə Azərbaycan Respublikasının Avstriya Respublikasındakı Səfirliyinin üçüncü katibi;
2013– 2015-ci illərdə Azərbaycan Respublikasının Avstriya Respublikasındakı Səfirliyinin ikinci katibi;
2016 – 2017-ci illərdə AR Xarici İşlər Nazirliyinin Beynəlxalq Təhlükəsizlik İdarəsinin birinci katibi;
2017 – 2018-ci illərdə Azərbaycan Respublikasının Cenevrədəki BMT bölməsi və digər beynəlxalq təşkilatlar yanında Daimi Nümayəndəliyinin birinci katibi;
2018-ci ilin avqust ayından 2019-cu ilin sentyabr ayınadək AR Xarici İşlər Nazirliyinin Beynəlxalq Təhlükəsizlik İdarəsinin rəis müavini;
2019-cu il sentyabr ayından 2023-cü ilin sentyabr ayınadək AR Xarici İşlər Nazirliyinin Beynəlxalq Təhlükəsizlik İdarəsinin rəisi vəzifəsində çalışıb.
Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 8 sentyabr 2023-cü il tarixli sərəncamı ilə xarici işlər nazirinin müavini təyin olunub.
Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 8 iyul 2021-ci il tarixli sərəncamı ilə Y. Rəfiyevə “ikinci dərəcəli fövqəladə və səlahiyyətli elçi” rütbəsi verilib.
9 iyul 2019-cu il tarixində Diplomatik xidmət orqanlarındakı fəaliyyətinə görə Azərbaycan Respublikasının Prezidenti tərəfindən “Diplomatik xidmətdə fərqlənmə” medalı ilə təltif olunub.
Ailəlidir, iki övladı var.