Azərbaycan Respublikası 20 oktyabr 1995-ci il tarixində FAO-ya üzv olmuşdur. BMT-nin ixtisaslaşmış qurumu olan FAO Azərbaycanda milli, regional və qlobal səciyyəli layihələr həyata keçirir. Sözügedən layihələr əsasən kənd təsərrüfatının inkişafı, ərzaq təhlükəsizliyinin gücləndirilməsi, potensialın artırılması, resursların idarə edilməsi, heyvan və bitki xəstəliklərinə qarşı mübarizə, təchizat və digər müvafiq sahələrdə texniki yardımları nəzərdə tutur.
FAO-nun ölkədəki layihələri Azərbaycan Hökumətinin prioritetləşdirilmiş ehtiyaclarına dair müraciətlərinə uyğun olaraq texniki əməkdaşlıq proqramlarına əsaslanır. 2009-cu ildən etibarən Azərbaycan Hökuməti və FAO kənd təsərrüfatının inkişafı sahəsində FAO tərəfindən texniki yardımın göstərilməsi məqsədilə ölkəyə yardım proqramının hazırlanması prosesinə başlanmışdır. Bu məqsədlə, Azərbaycan üçün 2016-2020-ci illər üzrə FAO-nun Milli Orta-müddətli Prioritetlər üzrə Çərçivə Sənədi hazırlanmış və müntəzəm surətdə Azərbaycanın prioritetlərinə uyğun olaraq yenilənməkdədir. Sözügedən sənəd hökumətin mövcud milli siyasəti və planları çərçivəsində kənd təsərrüfatı üzrə inkişaf prioritetlərinin həyata keçirilməsində FAO-nun Azərbaycana müvafiq sahələrdə və müəyyən olmuş səviyyədə xidmətlər göstərməsini nəzərdə tutur. Sənəd ölkədəki vəziyyətin qısa təhlili və növbəti 3-4 il müddətində FAO-nun ölkəyə yardımı üçün prioritet tədbirlərdən ibarətdir.
FAO ilə Azərbaycan arasında qarşılıqlı əlaqələrin intensivləşdirilməsi məqsədilə, 2002-ci ilin dekabr ayında təşkilatın Azərbaycanda milli müxbiri vəzifəsi (National Correspondency) təsis edilmişdir. 2015-ci ildə FAO-nun Bakıda Tərəfdaşlıq və Əlaqələndirmə Ofisi təsis edildikdən sonra bu vəzifə ləğv olunmuşdur.
19-20 aprel 2012-ci il tarixlərində Bakı şəhərində FAO-nun 28-ci Avropa Regional Konfransı (ARK), 17-18 aprel tarixlərində Kənd Təsərrüfatı üzrə Avropa Komissiyasının 37-ci sessiyası, 16 aprel tarixində isə FAO və qeyri-hökumət təşkilatlarının Avropa üzrə regional müşavirəsi keçirilmişdir.
“Azərbaycan Hökuməti və FAO arasında tərəfdaşlıq və əlaqələndirmə ofisinin yaradılması və texniki yardımın göstərilməsi haqqında Saziş” və “Azərbaycan Hökuməti və FAO arasında FAO-Azərbaycan Tərəfdaşlıq Proqramı haqqında Saziş” Təşkilatın baş direktoru Qratsiano da Silvanın Azərbaycana səfəri zamanı 25 may 2015-ci il tarixində imzalanmış, 12 oktyabr 2015-ci il tarixli AR Prezident Fərmanı ilə təsdiq edilmişdir.
2015-ci ildə “Ətraf Mühitin Mühafizəsi naminə Beynəlxalq Dialoq” (IDEA) İctimai Birliyinin təsisçisi, Heydər Əliyev Fondunun vitse-prezidenti xanım Leyla Əliyeva FAO-nun Xoşməramlı Səfiri seçilmişdir.
Heydər Əliyev Fondunun maliyyə dəstəyi ilə BMT-nin Ərzaq və Kənd Təsərrüfatı Təşkilatının Romadakı baş ofisində “Azərbaycan otağı” təsis edilib. Burada MDB ölkələri arasında ilk dəfə məhz Azərbaycanın adını daşıyan otaq yaradılıb. Otağın tərtibatında Azərbaycanın milli ornamentlərindən, musiqi alətlərindən və xalçalarından istifadə olunub.