Ermənistan tərəfindən Azərbaycana qarşı silahlı təcavüz və ərazilərinin 20 faizinin işğalı, eyni zamanda, ətraf mühit üçün ciddi fəsadlara səbəb olmuşdur. Ermənistan tərəfindən işğal olunmuş ərazilərdə meşələrin qırılması, qəsdən yanğınların törədilməsi, flora və fauna növlərinin məhv edilməsi, çayların və çay qollarının çirkləndirilməsi, münbit torpaqların məhv edilməsi, təbii sərvətlərin qanunsuz istismarı Azərbaycanda ətraf mühitə uzunmüddətli və bərpa olunmayan ziyan vurmuşdur.

İşğaldan öncə təbii landşaftın, nadir bitki və heyvan növlərinin qorunması üçün Azərbaycan tərəfindən bu ərazilərdə müxtəlif növ qoruqlar və yasaqlıqlar (məsələn, Bəsitçay, Laçın, Qaragöl, Arazboyu, Qubadlı, Daşaltı) yaradılmışdır.

Məsələn, 1974-cu ildə Azərbaycanın cənub-qərbindəki Zəngilan rayonunun Bəsitçay dərəsində yaradılmış ümumi sahəsi 107 hektar olan Bəsitçay Dövlət Təbiət Qoruğu nəhəng şərq çinarı ağacları ilə məşhur idi. Həmçinin 1961-ci ildə Azərbaycanın Laçın rayonunda yaradılmış və müxtəlif heyvan növlərinin qorunduğu Laçın Dövlət Təbiət Qoruğu 21 400 hektar sahəni əhatə edirdi.

İşğaldan öncə 70 388 hektara yaxın xüsusi mühafizə olunan təbiət əraziləri, 261 000 hektardan çox meşə, o cümlədən 13 197 hektardan ibarət qiymətli meşə sahələri, 215 təbiət abidəsi, 5 geoloji-paleontoloji obyekt, hündürlüyü 45 metr, diametri 6-8 metrədək, yaşı 120 ildən 2000 ilədək olan pasportlaşdırılmış 145 şərq çinarı və digər təbiət abidələri mövcud olmuşdur.

İşğal olunmuş ərazilərdə 460 növdən çox yabanı ağac və kol bitkiləri bitirdi. Bunlardan 70-i endemik növ olub, dünyanın heç bir yerində təbii halda bitmir.

Azərbaycan ərazilərinin işğalı zamanı Ermənistan şərq çinarı, qoz, palıd və başqa ağac növlərini kütləvi şəkildə qıraraq xaricə satırdı.

Bundan əlavə, təbii sərvətlərdən silah kimi istifadə metodunun bir hissəsi olaraq, Ermənistan təmas xəttinin digər tərəfində yaşayan azərbaycanlı mülki şəxslərə zərər vurmaq məqsədilə yanğınlar törədirdi. 2006-ci ildən etibarən Ermənistanın törətdiyi yanğınlar nəticəsində 110.000-dən çox hektar münbit torpaq məhv edilmiş, ətraf mühitə ciddi ziyan vurulmuşdur.

Ermənistanın yuxarıda qeyd olunan əməlləri nəticəsində, illər boyu qorunan qaraçöhrə, ayıfındığı, Araz palıdı, yalanqoz, şərq çinarı, meşə üzümü, pirkal, şümşəd, eldar şamı və sair ağac və kol bitkiləri növləri dünya florasının xəzinəsindən silinmək üzrədir.

İşğal olunmuş ərazilərin faunası da böyük itkilərə məruz qalmışdır. Münaqişənin təsirinə məruz qalmış ərazilər, o cümlədən Kəlbəcər, Cəbrayıl, Füzuli, Zəngilan, Laçın və Qubadlıda heyvan sayının qeydə alınması məqsədilə aparılmış tədqiqatlar müharibənin başlamasından sonra ilk iki il ərzində Ermənistanın qanunsuz əməllərinə görə vəhşi heyvanların sayının xeyli azaldığını göstərmişdir.

Azərbaycanın su ehtiyatlarının formalaşmasında önəmli rol oynayan işğal olunmuş ərazilərdəki sıx su şəbəkəsinə də Ermənistan tərəfindən ciddi ziyan vurulmuşdur.

İşğala məruz qalmış ərazilərdə yüksək tibbi müalicə potensialına malik olan 120-yə yaxın mineral su quyusu var idi. Onların arasında, məsələn, Kəlbəcər rayonunda Yuxarı və Aşağı İstisu, Bağırsaq, Keşdək, Laçın rayonunda İlıqsu və Minkənd, Şuşada Turşsu, Sırlan və başqa mineral su yataqlarını göstərmək olar. Azərbaycanın ümumi mineral su resurslarının 39.6%-i bu ərazilərdə yerləşir.

Kiçik Qafqaz dağlarından, xüsusilə Tərtər, Həkəri, Xaçınçay, Köndələnçay və Kür çayının digər qollarından qaynaqlanan çaylar aşağı bölgələri böyük miqdarda su ilə təmin edirdi. 

Ermənistan ərazisindən başlayan və Azərbaycanda Kür və Araz çaylarına tökülən bəzi çaylar Ermənistan tərəfindən müxtəlif növ tullantılarla, o cümlədən kimyəvi maddələr və ağır metallar ilə çirkləndirilir.

Məsələn, Azərbaycan ərazilərinin işğaldan azad edilməsindən sonra Azərbaycan Respublikasının Ekologiya və Təbii Sərvətlər Nazirliyi azad olunmuş Zəngilan rayonunda Ermənistanla sərhədin yaxınlığında yerləşən transsərhəd çayı olan Oxçuçaydan götürülmüş su nümunələrinin fiziki və kimyəvi təhlilini aparmışdır. Su təhlillərinin nəticələrinə görə, nikel, dəmir, manqan və mis-molibden birləşməsinin miqdarı normadan yüksək idi. Həmçinin, Oxçuçayda nadir balıq növlərinin tükənməsinə səbəb olan çoxillik ağır metal çöküntüləri mövcud idi. Bu çirklənmə, Ermənistandakı Qacaran Mis-molibden Zavodu və Qafan Filiz Emalı Zavodu tərəfindən ağır metalların Oxçuçaya atılmasının nəticəsidir. Bu flüvial faunanı məhv edir və insan sağlamlığı üçün çox təhlükəlidir. Oxçuçayın çirklənməsi Cənubi Qafqazın ikinci böyük çayı olan Araz çayının su resurslarının keyfiyyətinə birbaşa təsir edir.  

İşğal olunmuş ərazilərdə qızıl, civə, mis, qurğuşun və sink də daxil olmaqla 155 müxtəlif növ faydalı qazıntı yataqları mövcud idi. İşğal olunmuş ərazilər müxtəlif növ tikinti materialları, o cümlədən üzlük və hörgü daşları,  müxtəlif növ tikinti daşları, gil, qum-çınqıl, əhəng, mərmər və əqiq ilə zəngin olmuşdur. Bu yataqlar Ermənistan tərəfindən geniş miqyasda və qanunsuz şəkildə istismar edilmişdir. İşğal olunmuş ərazilərdə resursların amansız istismarı ətraf mühitə ciddi ziyan vurmuşdur.

Eyni zamanda, ağır hərbi texnika, eləcə də çoxlu miqdarda partlamış mərmi və minalar işğala məruz qalmış ərazilərdə torpağa və floraya xeyli ziyan vurmuşdur.